Die Region erstreckt sich entlang des Adriatischen und des Ionischen Meers. Mit der Punta Palascìa erreicht die Küste bei Otranto den östlichsten Punkt Italiens, der nur noch 80 km von der albanischen Küste entfernt ist.
Apulien ist die flachste Region Italiens. Die Landschaften teilen sich von Norden nach Süden in die bergige Halbinsel Gargano mit den vorgelagerten Tremiti-Inseln, der ebenen Tavoliere delle Puglie, der anschließenden Ebene Terra di Bari, der Kalkhochebene der Murge, der Küstenebene von Tarent und des Valle d'Itria, das die südlichste Region, die größtenteils ebene Halbinsel Salento abschließt. Das einzige Gebirge, die Monti della Daunia bilden die Grenze zu Kampanien und erreichen im Monte Cornacchia 1152 m Höhe.